根据中共中央、国务院批准的《重庆市党政机构改革方案》（中委[2000]88号）和市委、市政府《关于重庆市党政机构改革方案的实施意见》（渝委发[2000]18号），设置重庆市环境保护局。重庆市环境保护局是主管全市环境保护工作的市政府直属机构。
　　一、职能调整
　　（一）划出的职能
　　将制定环境保护产业政策和发展规划的职能交给市经委，市环保局参与有关工作。
　　（二）划入的职能
　　市农业局承担的农村环境保护职能。
　　（三）增加的职能
　　1．核安全监督管理职能。
　　2．生物技术环境安全职能。
　　3．组织协调环境保护国际条约在本市的履约活动。
　　（四）转变的职能
　　强化环境保护规划、计划、法规、规章的制定，建立健全环境管理制度，弱化对具体项目审批、许可证发放、排污费征收等职能。
　　（五）下放的职能
　　1．将区县（自治县、市）政府批准立项的建设项目环境保护审批职能下放区县（自治县、市）环保部门。
　　2．将环境监理具体业务管理工作下放重庆市环境监理大队。
　　3．将本市跨地区、跨流域的环境污染纠纷的调处工作下放重庆市环境监理大队。
　　4．将环境监测机构资质审查的事务性工作下放重庆市环境监测中心。
　　5．将环保产品认定、环境标志产品（无公害产品）认证、承担环境污染治理工程单位的资质审查的事务性工作下放重庆市环境保护协会。
　　6．将局机关的安全、保卫、消防及其它后勤服务工作下放局机关后勤服务中心。
　　二、主要职责
　　根据以上职能调整，重庆市环境保护局的主要职责是:
　　（一）贯彻执行国家关于环境保护的方针、政策和法律、法规；起草环境保护地方性法规、规章，根据职责和授权拟定有关法规的实施细则和规范性文件。
　　（二）拟定环境保护规划；组织拟定和监督实施重点区域、重点流域污染防治规划和生态环境保护规划；组织编制环境功能区划。
　　（三）组织对本市重大经济和技术政策、发展规划及重大经济开发计划等进行环境影响评价；监督对环境有影响的建设项目及资源开发项目执行环境影响评价制度和“三同时”制度。
　　（四）监督实施排污申报制度、排污许可证制度、排污收费制度和限期治理制度，组织推行污染物集中控制；对废水、废气、固体废物、噪声、振动、机动车等污染防治和生态环境保护实施统一监督管理。
　　（五）监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各级各类自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护工作；向市政府提出新建的市级以上自然保护区审查意见；监督管理市级自然保护区；负责农村环境保护；指导生态示范区和生态农业建设；管理生物技术环境安全。
　　（六）负责核安全、辐射环境、放射性废物管理工作；对电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作实行统一监督管理。
　　（七）组织实施环境保护目标责任制；归口管理城市环境综合整治及其定量考核工作；组织开展环境保护模范城区创建工作。
　　（八）指导和协调解决各区县（自治县、市）、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；组织调查和处理本市重大环境污染事故和生态破坏事件；负责全市环境保护行政稽查；组织开展环境保护执法检查活动；受理环境保护行政复议。
　　（九）负责全市环境监测网络、环境统计和环境信息系统的建设和管理；组织开展环境调查和环境监测工作；组织编报本市环境质量报告书，发布本市环境状况公报和环境统计公报。
　　（十）拟定地方环境保护标准和环境保护科技发展规划，组织开展环境保护重大科学研究、环境科技成果鉴定和技术示范工程建设；管理全市环境标准体系和环境标志、无公害标志产品认证；组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展。
　　（十一）组织、指导和协调全市环境保护宣传教育，推动公众和非政府组织参与环境保护。
　　（十二）组织开展本市环境保护国际合作与交流；组织协调环境保护国际条约在本市的履约活动和环境保护利用外资的有关工作；受市政府委托处理涉外环境保护事务。
　　（十三）指导区县（自治县、市）环保部门、市级有关部门及其他部门环保机构的环保业务工作。
　　（十四）承办市政府交办的其他事项。
　　三、（略）
　　四、（略）